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Depuis la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2004, les modes de financement des établissements de santé sont déterminés par les disciplines exercées et par leur statut juridique. Le modèle de financement des activités de médecine, chirurgie, obstétrique et odontologie (MCO) est encore principalement fondé sur une tarification à l’activité (T2A). La T2A rémunère l’activité de soins produites dans ces disciplines quels que soient le type de séjour et le statut de l’établissement, à l’exception des centres hospitaliers de Mayotte et de Saint-Pierre-et-Miquelon. La psychiatrie et les unités de soins de longues durée, quant à elles, sont financées via une dotation annuelle de financement pour les établissements publics ou privés à but non lucratif, ou via des prix de journée pour les établissements privés à but lucratif (ou les établissements privés à but non lucratif).

Le modèle de financement a fait l’objet de plusieurs évolutions ces dernières années et continue d’évoluer. Ainsi, un dispositif de financement à la qualité (IFAQ) a été expérimentée en 2012 et généralisé en 2016 puis en 2020.

Chaque année, la DREES apporte un éclairage sur la situation économique des différents types d’établissements de santé dans son Panorama sur les Établissements de santé. Trois focus y sont réalisés : la situation économique et financière des établissements privés à but lucratif (anciennement « cliniques privées »), celle des établissements de santé privés d’intérêt collectif (ESPIC) et celle des hôpitaux publics. Ces fiches renseignent notamment les résultats nets, recettes, effort d’investissement et taux d’endettement par type d’établissement. Les données qui y sont présentées sont issues des données comptables des hôpitaux publics fournies par la Direction générale des finances publiques (DGFiP), de l’enquête Comptes financiers de l’ATIH pour les ESPIC et des données financières des cliniques privées, croisées avec la statistique annuelle des établissements de santé (SAE) afin de conserver uniquement les établissements sanitaires dans le champ de l’étude. Enfin, le panorama des établissements de santé présente le cadre institutionnel et juridique des établissements de santé, notamment leur mode de financement et ses évolutions au fil des années.

Par ailleurs, la DREES réalise des études sur l’impact du mode de financement des établissements de santé sur leur productivité ou leur rentabilité.