Semaine du 2 au 8 janvier 2023 : nouvelle perturbation sur les transmissions des tests vers SI-DEP

Suite aux perturbations sur la transmission des résultats des tests par certains laboratoires durant la semaine du 2 au 8 janvier, les remontées des tests RT-PCR dans SI-DEP sont incomplètes durant cette période. En conséquence, la data-visualisation présentant les volumes et les délais des tests de dépistage de la Covid-19 ne sera pas mise à jour.

Recul du nombre de tests RT-PCR naso-pharyngés, RT-PCR salivaires et antigéniques réalisés et remontés dans SI-DEP cette semaine
Entre le 2 et le 8 janvier 2023, 364 000 tests antigéniques ont été validés et remontés dans SI-DEP (-24,7 % par rapport à la semaine précédente). Au cours de la même semaine, 354 000 tests RT-PCR ont été validés et remontés dans SI-DEP, un chiffre qui sous-estime probablement le nombre de tests RT-PCR effectués cette semaine, certains laboratoires n’ayant pas transmis les résultats des tests dans SI-DEP. Cependant, malgré ces perturbations sur les transmissions, le nombre de tests RT-PCR remontés dans SI-DEP diminue moins fortement (-11,2 %) que le nombre de tests antigéniques, ce qui pourrait suggérer un impact moins important sur les séries statistiques que lors du précédent épisode de perturbation fin octobre (voir le communiqué portant sur la semaine du 24 octobre au 30 octobre 2022).

Des délais de validation stables pour les tests remontés dans SI-DEP
Sur l’ensemble des tests (RT-PCR et antigéniques) validés et remontés dans SI-DEP  la semaine du 2 au 8 janvier 2023, la part des tests validés le jour ou le lendemain du prélèvement s’élève à 99 %. Pour les tests RT-PCR seuls, la durée médiane entre prélèvement et validation du résultat est stable à 0,3 jour. La part des tests RT-PCR validés en moins de 24 h est quasi-stable à 93 %, contre 94 % la semaine précédente. Tous les départements ont un délai médian entre prélèvement et validation du résultat d’un test RT-PCR inférieur à 12 h.

Méthodologie
La DREES exploite les données pseudonymisées du système d’information SI-DEP, qui portent notamment sur l’ensemble des tests RT-PCR réalisés par les laboratoires d’analyse médicale, et comportent des informations à la fois sur les résultats des tests et sur leurs délais de réalisation. Le calcul des délais pour les tests RT-PCR se fait à partir de la date de prélèvement du test (jour, heure, minute), déclarée par le laboratoire, et de la date d’intégration (jour, heure, minute) du test dans le système d’information, intégration qui doit se faire très rapidement après la validation du test. Les délais ici présentés pour les tests RT-PCR correspondent aux délais entre la date de prélèvement et la date d’intégration des résultats dans SI-DEP. Cependant, la date d’envoi des résultats aux patients par le laboratoire peut être postérieure à l’intégration des résultats dans SIDEP. Les délais entre date de prélèvement et réception des résultats des tests RT-PCR par les patients pourraient donc être supérieurs à ceux mesurés via SIDEP. Les statistiques présentées portent sur l’ensemble des tests RT-PCR réalisés, en date de validation du résultat.

Depuis le 17 octobre 2020, les tests antigéniques sont autorisés dans le cadre des dépistages individuels. Ils doivent être remontés depuis lors dans la base SIDEP par les laboratoires. En revanche, la saisie d’information dans SIDEP pour les professionnels de santé n’est possible que depuis le 16 novembre 2020, et a connu une phase de montée en charge. Afin d’estimer le nombre total de tests antigéniques réalisés depuis entre le 17 octobre 2020 et fin novembre 2020 – période pendant laquelle la base SIDEP n’était pas exhaustive sur ce type de tests, la DREES a utilisé les données de l’Assurance maladie sur le nombre de tests remboursés en date de soins en complément des données renseignées dans SIDEP.

Par ailleurs, si une même personne a réalisé successivement deux tests, ces deux tests sont comptés. Les données sur le nombre de tests diffèrent de celles publiées par Santé publique France, en date de prélèvement du test.

Enfin, entre début mars et début juin 2020, préalablement au déploiement complet de SIDEP, la DREES a mis en place à la demande du centre de crise sanitaire du Ministère de la Santé un système d’information permettant de comptabiliser le nombre de tests RT-PCR réalisés en France, à partir des déclarations des sites réalisant les tests (et non les prélèvements comme dans SIDEP).

Dans le cadre de l’exploitation des données SIDEP, la DREES procède à quelques retraitements des données. En particulier, les tests remontés avec un pseudonyme manquant sont supprimés. Dans le cas d’un même test remonté plusieurs fois (mise à jour de certaines informations sur le patient par exemple), la DREES conserve la ligne la plus récente, à l’exception de la date d’intégration dans SIDEP dont on retient la valeur la plus ancienne, assimilée à la date de validation du résultat.