Si la hausse des tests positifs touche tous les statuts vaccinaux, les nombres de tests positifs à taille de population comparable demeurent bien plus élevés pour les non-vaccinés

Paru le 03/12/2021

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Résumé

Exploitation des appariements entre les bases SI-VIC, SI-DEP et VAC-SI : résultats sur la période du 25 octobre au 21 novembre

 

Dans le cadre de sa mission d’appui à la gestion de la crise sanitaire, la Direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (DREES) exploite les données pseudonymisées issues des trois principales bases de données sur la crise Covid-19 : SI-VIC (hospitalisation), SI-DEP (dépistage) et VAC-SI (vaccination). La DREES présente un suivi hebdomadaire, sur la population âgée de 20 ans ou plus, des croisements entre ces trois bases, afin d’apporter des informations sur le statut vaccinal des personnes testées positives à la Covid-19 et des personnes hospitalisées, en prenant aussi en compte l’ancienneté de l’obtention du schéma vaccinal complet et l’injection éventuelle d’une dose de rappel. Outre ces statistiques descriptives, une analyse est proposée pour estimer conjointement l’effet des différents statuts vaccinaux – en particulier l’effet protecteur du vaccin dans le temps et l’apport de la dose de rappel – en neutralisant des différences de structures par âge.
Les fichiers bruts présentant les résultats nationaux, les déclinaisons territoriales et par tranche d’âge sont accessibles sur le site internet de la DREES, rubrique Open Data.

Trois constats majeurs ressortent cette semaine des analyses :
-    d’une part, la protection vaccinale initiale du schéma vaccinal complet demeure élevée pour toutes les classes d’âge contre les entrées en hospitalisation conventionnelle comme contre celles en soins critiques (comprise entre 90 et 95 % sauf pour les 80 ans ou plus où le pourcentage est proche de 85 %) mais aussi contre les infections symptomatiques (entre 80 et 85 % pour toutes les classes d’âge) ;
-    d’autre part, sur les hospitalisations, cette protection semble s’atténuer légèrement au fil du temps après l’obtention du schéma complet, surtout pour les seniors, moins pour les personnes de 20 à 60 ans. La protection vaccinale s’érode en revanche beaucoup plus pour ce qui concerne les infections symptomatiques et ce, pour toutes les classes d’âge ;
-    enfin, il faut noter que l’injection du rappel pour les personnes de plus de 60 ans dont le statut complet remonte à plus de 6 mois améliore la protection vaccinale à plus de 90 %, pour les infections symptomatiques comme pour les hospitalisations, soit plus que le gain de la primo-vaccination.

Les personnes non vaccinées sont sur-représentées parmi les tests positifs et plus encore parmi les entrées hospitalières

Selon les données issues de l’appariement SI-VIC (hospitalisation), SI-DEP (dépistage) et VAC-SI (vaccination), les personnes non vaccinées qui occupent une part de 10 % de la population âgée de 20 ans ou plus, représentent 28 % des personnes testées positives par RT-PCR et déclarant des symptômes, 41 % des personnes admises en hospitalisation conventionnelle, 49 % des entrées en soins critiques et 41 % des décès durant les 4 dernières semaines (cf. graphique ci-dessous). En outre, les personnes présentant un schema vaccinal complet avec rappel représentent 7% de la population française et seulement 1% des personnes testées positives avec symptômes et 2% des personnes admises en soins critiques.

Graphique : Répartition de la population, des tests PCR, des entrées hospitalières et des décès selon le statut vaccinal pour les personnes de 20 ans et plus


Un constat général est que le nombre d’évènements liés au Covid-19 (tests positifs, hospitalisations, décès) est largement plus important pour les personnes non vaccinées que pour les vaccinées à taille de population comparable. Les personnes vaccinées depuis plus de 6 mois sont plus concernées par ces événements (à taille de population comparable) que celles vaccinées plus récemment. En outre, les personnes ayant reçu une injection de rappel sont moins fréquemment testées positives ou hospitalisées que celles qui n’en ont pas eu (à taille de population comparable).

La hausse des tests positifs et des entrées hospitalières concerne tous les statuts vaccinaux mais les risques d’infection et d’entrée à l’hôpital sont nettement plus élevés pour les personnes non vaccinées
    
La hausse du nombre de cas de Covid-19 observée récemment concerne l’ensemble de la population, quel que soit son statut vaccinal. Au cours de la dernière semaine, le nombre de personnes testées positives a augmenté d’environ 70 % par rapport à la semaine précédente pour les personnes non vaccinées, vaccinées, avec ou sans rappel. En revanche, le nombre de tests positifs pour 100 000 habitants comme le nombre de nouvelles hospitalisations demeurent bien plus élevés pour les personnes non vaccinées que celles présentant un statut vaccinal complet sans rappel. Les personnes ayant effectué un rappel sont encore moins fréquemment testées positives.

Les risques d’infection symptomatique sont nettement réduits par l’injection d’une dose de rappel à plus de 6 mois

Une analyse statistique a permis d’estimer les risques pour un individu d’être hospitalisé ou infecté (hospitalisation avec un tests RT-PCR positif) en fonction de la date, la region, le statut vaccinal et l’âge. De cette analyse, il resort que, comparé au risque d’être infecté avec symptômes pour une personne non vaccinée âgée de 80 ans ou plus (risque fixé à 100 % par convention dans l’analyse), le risque d’une personne de 80 ans ou plus avec un schéma vaccinal complet de moins de 3 mois est environ 6 fois moindre puisque l’effet protecteur pour cette classe d’âge est d’environ 84 %. La première dose de vaccin apporte dès son administration une protection importante : l’efficacité durant les 14 premiers jours est d’environ 67 % et elle atteint 81 % ensuite, avant l’obtention de la deuxième dose. L’administration d’une dose de rappel permet, pour toutes les classes d’âge, d’obtenir un niveau de protection contre les infections de plus de 90%; soit plus que la primo-vaccination.

Les résultats présentés sont issus de l’exploitation des appariements entre les données de :
- SI-VIC, base de données sur les hospitalisations conventionnelles ou en soins critiques (réanimation, soins intensifs et soins continus) de patients, hospitalisés pour ou positifs au test Covid-19.
- SI-DEP, base de données sur les résultats des tests de dépistage du virus SARS-CoV-2 causant la Covid-19,
- VAC-SI, base de données sur les vaccinations Covid-19.
Les données utilisées portent sur la période du 31 mai au 14 novembre 2021 et ont été extraites le 23 novembre.

Les décomptes issus de l’appariement des trois bases SI-VIC, SI-DEP, VAC-SI portent sur des personnes dont l’âge est renseigné. De plus, les événements hospitaliers (entrée en hospitalisation conventionnelle, entrée en soins critiques, décès) sont comptabilisés en date de survenue. À l’exception des colonnes « Admissions et décès hospitaliers – Ensemble » du tableau 1, toutes les statistiques d’événements hospitaliers présentées sont établies sur des personnes pour lesquelles au moins un test RT-PCR positif a été identifié entre 21 jours avant l’hospitalisation et 21 jours après l’événement hospitalier (ou la date d’extraction des données pour les statistiques les plus récentes). Cette restriction de champ aux patients admis à l’hôpital ou décédés pour lesquels un test positif a été identifié explique l’écart constaté entre les colonnes « Ensemble » et « dont RT-PCR positive » de la partie « Admissions et décès hospitaliers ».

Les décomptes issus de l’appariement des deux bases SI-DEP et VAC-SI portent sur des nombres de tests RT-PCR en date de prélèvement durant la même période que les statistiques d’hospitalisation et de couverture vaccinale.

Les dénombrements de tests (nombre et résultats positifs) ne sont pas dédoublonnés au-delà de la journée. Autrement dit, lorsqu’une personne réalise plusieurs tests RT-PCR à des dates différentes, les nombres de tests et les positifs associés sont comptés à chaque fois dans les effectifs et ratios. Par ailleurs, on considère comme symptomatiques les personnes dont la variable associée dans SI-DEP indique la présence de symptômes ; les autres pouvant être asymptomatiques ou sans information connue.

Les décès dénombrés de patient positifs Covid-19 sont ceux survenus à l’hôpital (y compris dans d’autres services que ceux d’hospitalisation conventionnelle et de soins critiques, et que le Covid soit le motif d’hospitalisation ou non), enregistrés dans SI-VIC et concernant les seuls patients admis à l’hôpital après le 15 mai - dans le but de centrer l’analyse sur les événements débutés à compter de la quatrième vague épidémique. En pratique, les nombres de décès sur la période sous revue (qui débute en juillet) de personnes admises à hôpital avant le 15 mai sont très faibles. Par ailleurs, les dénombrements ici présentés (colonne « décès / ensemble » du tableau 1) sont en date de survenue et issus des appariements ; ils ne coïncident donc pas avec les données non appariées et en date d’enregistrement que publie Santé publique France.

En concordance avec les choix effectués par Santé publique France s’agissant des grandes catégories1 , le statut vaccinal des patients a été défini suivant quatre modalités dont les contours varient suivant le vaccin utilisé et l’antécédent de Covid-19 des patients :
pour les vaccinations sans antécédent de Covid-19 avec vaccins non monodose (hors Janssen) :
-    Non vacciné (0) : personne n’ayant jamais reçu d’injection de vaccin contre le Sars-Cov-2
-    Primo dose récente (1-) : personne ayant reçu une première dose depuis 14 jours ou moins
-    Primo dose efficace (1+) : personne ayant reçu une première dose depuis plus de 14 jours ou ayant reçu une deuxième dose depuis 7 jours ou moins
-    Vaccination complète (C) :  personne ayant reçu une deuxième dose2 depuis plus de 7 jours

pour les vaccinations sans antécédent de Covid-19 avec vaccin mono dose (Janssen) :
-    Non vacciné (0) : personne n’ayant jamais reçu d’injection de vaccin contre le Sars-Cov-2
-    Primo dose récente (1-) : personne ayant reçu une dose de Janssen depuis 14 jours ou moins
-    Vaccination complète (C) :  personne ayant reçu dose de Janssen depuis plus de 14 jours

pour les vaccinations avec antécédent de Covid-19 :
-    Non vacciné (0) : personne avec antécédent n’ayant jamais reçu d’injection de vaccin contre le Sars-Cov-2
-    Primo dose récente (1-) : personne avec antécédent ayant reçu une dose depuis 7 jours ou moins
-    Vaccination complète (C) :  personne avec antécédent ayant reçu une dose depuis plus de 7 jours

Dans tous les cas, la catégorie « vaccination complète (C) » est séparée en deux sous-groupes, eux-mêmes étant chacun séparés en trois sous-groupes :
-    personnes n’ayant pas effectué d’injection de rappel :
o    personnes ayant obtenu le statut vaccinal complet depuis moins de 3 mois ;
o    personnes ayant obtenu le statut vaccinal complet depuis plus de 3 mois et moins de 6 mois ;
o    personnes ayant obtenu le statut vaccinal complet depuis plus de 6 mois ;
-    personnes ayant effectué une injection de rappel :
o    personnes ayant obtenu le statut vaccinal complet depuis moins de 3 mois ;
o    personnes ayant obtenu le statut vaccinal complet depuis plus de 3 mois et moins de 6 mois ;
o    personnes ayant obtenu le statut vaccinal complet depuis plus de 6 mois.

Au final, la population résidant en France se décompose comme indiqué dans le tableau A1. Le rappel n’étant, jusqu’à présent, généralement autorisé qu’à partir de 6 mois après l’obtention d’un schéma complet, les catégories de personnes ayant obtenu un schéma complet depuis moins de 6 mois ainsi qu’un rappel ne sont pas retenues dans les présentations de cette étude en raison de leur faible part dans la population et de leur caractère très spécifique.

Les taux de couverture vaccinale utilisés ici ont été estimés par la DREES en mobilisant, pour les numérateurs, la source VAC-SI. Pour approcher le lieu de résidence lorsque celui-ci n’est pas connu dans les bases, c’est le lieu de vaccination qui est pris en compte3 . Les populations résidentes au 1er janvier 2021 estimées par l’Insee (https://www.insee.fr/fr/statistiques/1893198) ont été utilisées comme dénominateur des taux de couverture vaccinale. Les effectifs de personnes non vaccinées sont établis par différence entre la population résidente et les effectifs de personnes vaccines. Les dénombrements de tests, d’entrées, de décès et de population selon le statut vaccinal concernent les populations résidant en France.

 

 
  • 1En revanche, s’agissant de la décomposition des personnes vaccinées en fonction de l’ancienneté depuis l’obtention du statut vaccinal complet, il n’existe pas à notre connaissance de typologie standard à ce stade.
  • 2Ou une troisième dose s’agissant des personnes immunodéprimées.
  • 3L’information sur le département de résidence n’est disponible dans la version de VAC-SI mise à disposition de la DREES que sur une part des patients.

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